1.按定位级别分类。可分为学生级、实验级、研究级生物显微镜。
2、按目镜个数分类。可分为单目型、双目型、三目型生物显微镜。
3.按目镜和移动台的相对位置分类。可分为正置生物显微镜和倒置生物显微镜。正置(通常)生物显微镜的镜子在移动台上,倒置生物显微镜的镜子在移动台下。
4.按成像原理分类。可分为光学生物显微镜和电子生物显微镜。光学显微镜主要由眼镜、物镜、载体台和后视镜(集光镜)组成。眼镜和物镜都是凸镜,焦距不一样。物镜的凸镜焦距小于目镜的凸镜焦距。物镜相当于投影仪的镜头,物体通过物镜成为倒立、扩大的现实图像。眼镜相当于普通的放大镜,这个形象通过眼镜成为正立放大的虚像。从显微镜到人眼的物体成为倒立扩大的虚像。电子显微镜是根据电子光学原理,通过电子束和电子镜代替光束和光学镜片,使物质的细微结构在非常高的放大倍数下成像。电子束的波长远小于可见光的波长,即使电子束的锥角只有光学显微镜的1%,电子显微镜的识别能力也远远优于光学显微镜。光学显微镜的放大倍率约为2000倍,现代电子显微镜的放大倍率已超过300万倍。